Село Ануйское основано в 1748 году как казачья крепость Колывано-Кузнецкой военной линии. В XVIII веке здесь находились только казаки, которых присылали на посменную службу с Дона и Терека. Многие из них остались на постоянное жительство, обзавелись хозяйством, напряженно трудились.
В 1756 году, после разгрома китайцами Джунгарии, Горный Алтай принял российское подданство, и казаки стали служить на китайской границе, а часть их была переселена в Семиречье (Киргизия) и Зайсанский край (Восточный Казахстан).
В 1882 году в Ануйском была построена церковь, названная Рождественской. В 1893 году здесь были 289 дворов казачьих семей и 3 крестьянских двора.
Советская власть в Ануйском была установлена в начале 1918 года. В годы Гражданской войны ануйцы приняли в ней активное участие на стороне красных. В ноябре 1919 года, когда полки Первой Горной партизанской дивизии освободили село Ануйское от колчаковцев, здесь был сформирован 11-й партизанский полк (командир Иван Степанович Булгаков), который участвовал в боях под селом Новосмоленском и Верх-Ануйском.
В годы Великой Отечественной войны ануйцы проявили исключительное мужество и героизм. Многие ануйские семьи понесли тяжелые потери. В Книге Памяти учтено 676 погибших воинов, призванных в Ануйском сельсовете.
